Mit spektakulären CD-Aufnahmen (u. a. Königin der Nacht, Zerbinetta, Lieder von Gustav Mahler) erregte Alois Mühlbacher erstmals internationales Aufsehen, welches zu beachtlichen Engagements führte: Mit 15 Jahren debütierte er an der Wiener Staatsoper als Junger Hirte in der Oper »Tannhäuser« unter der Leitung von Franz Welser-Möst und als Oberto in Händels »Alcina« unter der Leitung von Marc Minkowksi. Mit den St. Florianer Sängerknaben, denen er sich auch heute noch verbunden fühlt, unternahm er Konzertreisen in die ganze Welt, als Sopransolist feierte er auf den Podien internationaler Konzertsäle große Erfolge. Alles in allem wurde sein künstlerisches Leben durch die »Sängerknabenfamilie« in St. Florian maßgeblich geprägt. Er war nicht nur Star und Aushängeschild, sondern über viele Jahre auch verlässliches und treues Mitglied des traditionsreichen Chores. Fast bruchlos setzte sich seine Karriere in der Countertenorlage fort: Längst beweist Alois Mühlbacher mit seiner weiterhin ungewöhnlich flexiblen und nuancenreichen Stimme, dass er auch als Countertenor nicht nur Alte Musik interpretieren kann. Heute ist er mit renommierten Ensembles (z. B. Musiciens du Louvre, Ensemble 1700, Wiener Akademie) in den großen Konzertsälen, aber auch in Opernhäusern wie der Mailänder Scala zu Gast. Die großen Vokalwerke Bachs hat er mehrfach in Wien und in Kirchen und Konzertsälen in Europa und Amerika als Altsolist aufgeführt. 2023 gründete er zusammen mit Franz Farnberger das Ensemble Pallidor, in dem herausragende Spezialist*innen für Barockmusik gemeinsam mit ihm musizieren.